Abstract Desulfovibrio spp. are strict anaerobes that are ubiquitous in nature. They can reside in the human or animal gastrointestinal tract and, as they are also environmental bacteria, may be present in soil and water. They can persist asymptomatically in the intestine or behave as opportunistic pathogens associated with primary bacteremia and intraabdominal infections. Several Desulfovibrio spp. infections may be underestimated due to their slow growth rate and because many laboratories do not routinely perform anaerobic cultures. Simple tests such as motility detection on a fresh subculture, Gram stain to confirm cell morphology, presence of H2S in SIM agar and production of a red fluorescence in alkaline pH under UV light would be indicative of Desulfovibrio spp.

Resumen Desulfovibrio spp. son bacterias anaerobias estrictas, ubicuas en la naturaleza, quepueden formar parte del tracto gastrointestinal humano o animal, pero también son bacteriasambientales presentes en el suelo y en el agua. Pueden persistir de manera asintomática enel intestino o comportarse como patógenos oportunistas, asociados con bacteriemia primariae infecciones intraabdominales. El número de infecciones por Desulfovibrio spp. puede estarsubestimado debido a su lenta velocidad de crecimiento y a que muchos laboratorios no realizancultivos en anaerobiosis de manera rutinaria. Pruebas sencillas, como el examen de la movilidaden fresco y de la morfología celular en la coloración de Gram, sumadas a la presencia de SH2en agar SIM y a la observación de una fluorescencia roja a pH alcalino bajo luz UV, seríanindicativas de Desulfovibrio spp. Se describe el caso de una bacteriemia por Desulfovibriodesulfuricans en una mujer con cuadro clínico de sepsis abdominal por apendicitis gangrenosacon fallo multiorgánico.

Abstract Vibrio vulnificus is one of the most virulent Vibrio species known. It is a bacterium with universal distribution. The first case registered in Uruguay occurred in 2001 and, since then, several infections have occurred per year. Recently, in this country, V. vulnificus was responsible for a fatal soft tissue infection. Although no cases of human infection with this species have been reported in Argentina, researchers have recently identified V. vulnificus in samples associated with microplankton in the Rio Negro estuary. We present the case of a severe skin and soft tissue infection by V. vulnificus from an open wound in a patient in contact with a marine aquatic environment on the coast of the River Plate, in Uruguay. Isolation of vibrios from wound specimens can cause rapidly progressing tissue damage, particularly V. vulnificus which has a high mortality rate without early and appropriate intervention. In our case, the rapid identification of the microorganism allowed us to support the empirical treatment used, which a good clinical evolution.

Resumen Vibrio vulnificus es una de las especies de Vibrio más virulentas que se conocen. Es una bacteria de distribución universal. El primer caso registrado en Uruguay se produjo en 2001, y desde entonces ocurren varias infecciones por año. Recientemente, en ese país, V. vulnificus fue responsable de una infección de partes blandas de curso letal. Aunque no han sido comunicados casos de infección humana por esta especie en Argentina, se ha identificado recientemente Vibrio vulnificus en muestras asociadas con microplancton en el estuario del Río Negro. Presentamos el caso de una infección grave de piel y partes blandas por V. vulnificus a partir de una herida abierta en un paciente en contacto con medio acuático marino en la costa de Uruguay del Río de la Plata. El aislamiento de vibrios en muestras de heridas puede causar un daño en los tejidos con rápida progresión, en particular V. vulnificus, que tiene una alta mortalidad sin la precoz y apropiada intervención. En nuestro caso, la rápida identificación del microorganismo permitió avalar el tratamiento empírico utilizado, con una buena evolución clínica.

Resumen Dolosigranulum pigrum es un coco gram positivo, anaerobio facultativo, que forma parte de la microbiota oral y del tracto respiratorio superior. Aunque los reportes de infecciones por este microorganismo son escasos, se lo ha asociado a un amplio espectro de enfermedades infecciosas. Se describe el caso de un hombre adulto con un absceso corneal del que se aisló D. pigrum. El microorganismo fue identificado por espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) y secuenciación del gen 16S ARNr. A su vez, se logró la identificación presuntiva mediante pruebas fenotípicas claves, como la disposición en racimos en la coloración de Gram, la prueba negativa de la catalasa, la producción de pirrolidonil arilamidasa y leucina aminopeptidasa, el crecimiento en NaCl al 6,5% y la hidrólisis de esculina. Los datos de la literatura y el presente caso respaldan la asociación del microorganismo con infecciones oculares, a menudo de curso destructivo, principalmente en pacientes de edad avanzada.

Abstract Dolosigranulum pigrum is a gram-positive, facultatively anaerobic coccus, which is part of the oral and upper respiratory tract microbiota. Although reports of infections by this microorganism are scarce, it has been associated with a wide spectrum of infectious diseases. The case of an elderly man with a lower corneal abscess, in which Dolosigranulum pigrum was isolated, is described. The microorganism was identified by mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and by the sequencingof the 16S rRNAgene. Furthermore, the presumptive identification of the causative agent was achieved by using key phenotypic tests such as the cluster arrangement in Gram stain, the negative catalase test, the production of pyrrolidonyl arylamidase and leucine aminopeptidase activity, the growth in 6.5% NaCl and esculin hydrolysis. The data from the literature (and the present case) support the association of the microorganism with ocular infections, which often take a destructive course, mainly in elderly patients.

Abstract Different phenotype-based techniques and molecular tools were used to describe the distribution of different Achromobacter species in patients with cystic fibrosis (CF) in Argentina, and to evaluate their antibiotic resistance profile. Phenotypic identification was performed by conventional biochemical tests, commercial galleries and MALDI-TOF MS. Genetic approaches included the detection of A. xylosoxidans specific marker blaoxa-114, the amplificaron and sequencing of the 16S rRNA gene, nrdA and blaOXA complete sequence, and MLST analysis. Phenotypic approaches, even MALDI-TOF, rendered inconclusive or misleading results. On the contrary, concordant results were achieved with the nrdA sequencing or sequence type (ST) analysis, and the complete blaOXA sequencing, allowing a reliable discrimination of different Achromobacter species. A. xylosoxidans accounted for 63% of Achromobacter infections and A. ruhlandii accounted for 17%. The remaining species corresponded to A. insuavis, A. dolens, A. marplatensis and A. pulmonis. Antimicrobial susceptibilities were determined by the agar dilution method according to CLSI guidelines. Piperacillin, piperacillin/tazobactam and car-bapenems were the most active antibiotics. However, the emergence of carbapenem-resistant isolates was detected. In conclusion, prompt and accurate identification tools were necessary to determine that different Achromobacter species may colonize/infect the airways of patients with CF. Moreover, antimicrobial therapy should be administered based on the susceptibility profile of individual Achromobacter sp. isolates. © 2019 Asociación Argentina de Microbiología. Published by Elsevier España, S.L.U. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

Resumen Se emplearon diversas técnicas fenotípicas y moleculares para describir la distribución de diferentes especies del género Achromobacter en pacientes con fibrosis quística (FQ) en Argentina, y se evaluó el perfil de resistencia a los antibióticos. Se realizó la identificación fenotípica por pruebas bioquímicas convencionales, galerías comerciales y MALDI-TOF MS. El enfoque genético incluyó la detección del marcador especie-específico de A. xylosoxidans bla[PRESERVECIRC]tu, la amplificación y la secuenciación de los genes ARNr 16S, nrdA y secuencia completa de blaOXA, y el análisis por MLST. Los enfoques fenotípicos, incluso la técnica de MALDI-TOF, proporcionaron resultados no concluyentes o erróneos. Por el contrario, se obtuvieron resultados concordantes entre la secuenciación del gen nrdA o el análisis de secuenciotipos (ST) y la secuenciación completa de blaOXA, lo que permitió una discriminación confiable de las diferentes especies de Achromobacter. A. xylosoxidans representó el 63% de las infecciones por Achromobacter y A. ruhlandii representó el 17%. Las especies restantes correspondieron a A. insuavis, A. dolens, A. marplatensis y A. pulmonis. Se determinó la sensibilidad a antimicrobianos por el método de dilución en agar de acuerdo al CLSI. Los antibióticos más activos fueron piperacilina, piperacilina/tazobactam y carbapenemes. Sin embargo, se detectó la emergencia de aislamientos resistentes a carbapenemes. En conclusión, resultaron necesarias herramientas de identificación rápida y precisas para determinar las diferentes especies del género Achro-mobacter capaces de colonizar/infectar las vías respiratorias de los pacientes con FQ. Asimismo, la terapia antimicrobiana debería llevarse a cabo en función del perfil de sensibilidad de los aislamientos individuales de Achromobacter spp. © 2019 Asociacion Argentina de Microbiología. Publicado por Elsevier Espana, S.L.U. Este es un artículo Open Access bajo la licencia CC BY-NC-ND (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) mass spectrometry (MS) proved to be a robust tool for the identification of numerous taxonomic groups. However, it has limitations. A key advantage of this technique is the flexibility for the incorporation of protein profiles of microorganisms not included in the commercial database. Due to the prevalence of Burkholderia contaminans in fibrocystic patients in Argentina and the fact that rapid and reliable microbiological diagnosis is crucial in them, MALDI-TOF MS emerges as a strategic tool. The aim of this work was to develop an additional database with peptide spectra of reference isolates of B. contaminans. This database demonstrated to be successful for the identification of 97% of the isolates analyzed. Therefore, MALDI-TOF MS with the extended database was a useful tool for the identification and differentiation of other related species to B. contaminans.

La espectrometría de masas (EM) (matrix assisted laser desorption ionization-time of flight) MALDI-TOF demostró ser una herramienta robusta para la identificación de numerosos grupos taxonómicos. No obstante, presenta limitaciones. Una ventaja clave de la técnica es la flexibilidad para la incorporación de espectros proteicos de microorganismos ausentes en la base de datos comercial. Dada la prevalencia de Burkholderia contaminans en los pacientes fibroquísticos en Argentina, y a que en ellos es crucial el diagnóstico microbiológico rápido y confiable, la EM MALDI-TOF surge como una herramienta estratégica. El objetivo del trabajo fue desarrollar una base de datos adicional con espectros peptídicos de aislamientos de referencia de B. contaminans. La misma demostró ser exitosa para la identificación del 97% de los aislamientos analizados. Por lo cual la EM MALDI-TOF con la base de datos extendida resultó ser una herramienta útil para la identificación y diferenciación de otras especies relacionadas a B. contaminans.

The case of a 52-year-old female patient with a history of critical aortic stenosis, hypothyroidism and splenectomy as treatment for her Hodgkin's lymphoma is herein presented. In April 2011, the patient was admitted to the cardiology service due to global heart failure, fever and poor response to diuretic and vasodilator therapy. A transesophageal echocardiogram showed images compatible with vegetations in the aortic, pulmonary, and mitral valves. A diagnosis of infective endocarditis was made. Growth of gram-negative coccobacilli was observed in two blood culture sets. The microorganism was finally identified as Bordetella holmesii.The patient was treated with ceftriaxone 1 g every 12 hours for 28 days with favorable outcome.

Se presenta el caso de una paciente de 52 años portadora de estenosis aórtica crítica, esplenectomizada, hipotiroidea, que tenía como antecedente linfoma de Hodgkin diagnosticado en 2004. En abril de 2011 ingresó al Servicio de Cardiología por insuficiencia cardíaca global y registros febriles, con respuesta tórpida al tratamiento diurético-vasodilatador. El ecocardiograma transesofágico mostró imágenes ecodensas en válvulas aórtica, pulmonar y mitral compatibles con vegetaciones, por lo que el cuadro se interpretó como probable endocarditis infecciosa. En dos muestras de hemocultivos desarrolló un cocobacilo gram negativo que fue identificado como Bordetella holmesii. Se realizó tratamiento con ceftriaxona 1 g cada 12 h durante 28 días, y se observó una evolución favorable.

Entre os anos 1996 e 2010 estudaram-se 1873 isolamentos de Enterococcus spp. pertencentes a pacientes internados num Hospital Universitário da Cidade Autônoma de Buenos Aires com infecção intra-hospitalar. 64,2% e 30,4% dos isolamentos corresponderam a E. faecalis e E. faecium respectivamente. No estudado as infecções por Enterococcus spp. representaram entre 8% e 10% do total das infecções nosocomiais. A prevalência de E. faecium aumentou de 1,5% no ano 1996 para 4% em 2010. O primeiro isolamento de enterococo resistente a vancomicina foi detectado no ano 1998 e correspondeu a um E. faecium e no ano 2004 foi achado em E. faecalis. Atualmente mais de 70% dos isolamentos de E. faecium são resistentes a vancomicina, mas não é assim em E. faecalis onde a resistência é ocasional. Não se detectou resistência a linezolid nem a tigeciclina em Enterococcus spp.

One thousand eight hundred and seventy-three Enterococcus spp. isolates belonging to patients undergoing hospital-acquired infections at the University Hospital of Buenos Aires city were studied between the years 1996 and 2010. A total of 64.2% and 30.4% of the isolates were identified as E. faecalis y E. faecium respectively. The infections caused by Enterococcus spp. represented from 8% to 10% of the total number of the nosocomial infections in the period studied. The E. faecium prevalence increased from 1.5% in 1996 to 4% in 2010. The first vancomycin-resistant Enterococcus faecium was detected in the year 1998 and in the year 2004 this resistance was detected in E. faecalis as well. At present, more than 70% of the E. faecium isolates show vancomycin resistance; on the contrary, in the case of E. faecalis, this resistance is unusual. Resistance to linezolid or to tigecycline has not been detected in Enterococcus spp. so far.

Entre los años 1996 y 2010 se estudiaron 1873 aislamientos de Enterococcus spp. pertenecientes a pacientes internados en un hospital universitario de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires con infección intrahospitalaria. El 64,2% y el 30,4% de los aislamientos correspondieron a E. faecalis y E. faecium, respectivamente. En el periodo estudiado las infecciones por Enterococcus spp. representaron entre el 8% y el 10% del total de las infecciones nosocomiales. La prevalencia de E. faecium aumentó de un 1,5% en el año 1996 a un 4% en 2010. El primer aislamiento de enterococo resistente a vancomicina se detectó en el año 1998 y correspondió a un E. faecium y en el año 2004 se halló en E. faecalis. Actualmente más del 70% de los aislamientos de E. faecium son resistentes a vancomicina, no así en E. faecalis donde la resistencia es ocasional. No se detectó resistencia a linezolid ni a tigeciclina en Enterococcus spp.

A total of 115 unique clinical isolates of Neisseria gonorrhoeae and 54 strains of other genera and species included in the database of the NH card were tested by the Vitek 2C System (bioMérieux, Marcy L'Etoile, Francia). The gonoccocal isolates had been previously identified by conventional biochemical tests and by the latex agglutination test with monoclonal antibodies using the Phadebact Monoclonal GC Test (Bactus AB, Sweeden). The NH card correctly identified 111 (96.5 %) strains of 115 isolates; one strain was identified with low discriminatory power (0.86 %), one (0.86 %) was misidentified (as Neisseria meningitidis) whereas the other two (1.7 %) remained unidentified. The NH card for N. gonorrhoeae identification provided 100 % specificity. The results were available within 6 hours. The NH card could be considered a reliable and useful tool for routine use in Neisseria gonorrhoeae identification.

Por medio de la tarjeta NH del sistema Vitek 2C (bioMérieux, Marcy L'Etoile, Francia) se ensayó un total de 115 aislamientos clínicos únicos de Neisseria gonorrhoeae y 54 cepas de otros géneros y especies incluidas en la base de datos de esta tarjeta. Los aislamientos de gonococos fueron identificados previamente por medio de pruebas bioquímicas convencionales y por aglutinación con partículas de látex y anticuerpos monoclonales usando el Phadebact Monoclonal GC Test (Bactus AB, Suecia). La tarjeta NH identificó correctamente a 111 (96,5 %) de las cepas; una (0,86 %) cepa fue identificada con bajo poder de discriminación, una (0,86 %) fue identificada erróneamente como N. meningitidis y 2 (1,7 %) no fueron identificadas. La especificidad en la identificación de N. gonorrhoeae fue del 100 %. Los resultados fueron obtenidos dentro de las 6 horas. La tarjeta NH puede ser considerada como una herramienta útil y confiable para la identificación rutinaria de N. gonorrhoeae.

CMY-2 ß-lactamase is an important cause of ß-lactam resistance in Enterobacteriaceae and constitutes the most widespread pAmpC. Although CMY-2 has been previously recognized in our region, the real prevalence and epidemiology of this resistance marker was uncertain. During August-October 2009, we conducted a multicenter, prospective study to determine pAmpC prevalence and to characterize CMY-2 producing Escherichia coli associated plasmids. Plasmid-encoded AmpC prevalence was 0.9 % in enterobacteria in this period, being CMY- 2 prevalent and to a lesser extent DHA. Molecular typing of CMY-2- producing Escherichia coli isolates showed several lineages. Moreover, replicon typing of cmy-2- containing plasmids displayed a broad diversity in Inc/cmy- 2 links. Therefore, association of cmy-2 with specific transposon elements may be responsible for the spread of this resistance marker in Enterobacteriaceae.

La ß-lactamasa de tipo AmpC de codificación plasmídica CMY-2 es la de mayor diseminación a nivel mundial en Enterobacteriaceae. Esta ha sido comunicada esporádicamente en nuestro país. Entre agosto y octubre de 2009 se llevó a cabo un estudio prospectivo y multicéntrico con el objetivo de determinar la prevalencia de pAmpC en nuestro medio y de caracterizar a los microorganismos productores y a los plásmidos portadores de estos marcadores de resistencia. La prevalencia de pAmpC plasmídicas en enterobacterias en este período fue de 0,9 %. La ß-lactamasa CMY-2 fue la enzima prevalente y, en menor medida, la DHA. La tipificación molecular de los aislamientos de Escherichia coli productores de CMY-2 mostró la presencia de distintos linajes, y los plásmidos portadores de cmy-2 pertenecieron a una amplia diversidad de grupos de incompatibilidad. Se determinó la asociación corriente arriba de cmy-2 con ISEcp1, el cual podría ser responsable de la amplia diseminación de este marcador de resistencia en Enterobacteriaceae.

OBJECTIVE: To identify the outer membrane protein absent in the resistant isolates and to determine both the causes of its absence in the membrane and the presence of other mechanisms of carbapenem resistance in clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa. METHODS: Twenty isolates from an outbreak of P. aeruginosa previously characterized as metallo-beta-lactamase IMP-13 producers were studied. All the isolates exhibited equal expression of the IMP-13 enzyme, but only five of them were carbapenem-resistant. It was found that the five resistant isolates lacked a outer membrane protein. The oprD and ampC genes were sequenced; the outer membrane proteins were identified using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry; the OprD and AmpC expressions, as well as the Mex efflux system, were assessed by real-time polymerase chain reaction; and finally, the contribution of reduced OprD to carbapenem resistance was determined. RESULTS: The absent outer membrane protein in group R was identified as OprD-TS; however, no variations in its expression were observed. The oprD gene presented mutations in the five resistant isolates. The production of AmpC PDC-5-type enzyme and the MexAB-OprM efflux system was the same in both carbapenem-sensitive and ‑resistant isolates. The contribution of the combined presence of IMP-13 and reduced OprD to increased resistance was examined. CONCLUSIONS: Different mechanisms contribute to carbapenem resistance in IMP-13-producing isolates. The possibility that these IMP-13-producing isolates could go undetected poses a latent risk when selecting mutants with added resistance mechanisms in order to enhance carbapenem resistance.

OBJETIVO: Identificar la proteína de membrana externa ausente en los aislamientos resistentes y determinar tanto las causas de su ausencia en la membrana, como la presencia de otros mecanismos de resistencia a carbapenemes en aislamientos clínicos de Pseudomonas aeruginosa. MÉTODOS: Se estudió un brote de 20 aislamientos de P. aeruginosa previamente caracterizados como productores de la metalobetalactamasa IMP-13. Estos aislamientos presentaron igual expresión de la enzima IMP-13, pero solo cinco de ellos fueron resistentes a carbapenemes. En esos cinco aislamientos resistentes se confirmó la ausencia de una proteína de membrana externa. Se secuenciaron oprD y ampC; se identificaron las proteínas de membrana externa por desorción/ionización láser asistida por matriz/espectometría de masa tiempo de vuelo (MALDI-TOF); se determinó el nivel de expresión de oprD, de AmpC y de los sistemas de eflujo tipo Mex, por reacción en cadena de polimerasa en tiempo real, y por último, se determinó la contribución del déficit de oprD a la resistencia a carbapenemes. RESULTADOS: La proteína de la membrana externa ausente en el grupo R (resistentes a ambos carbapenemes) fue identificada como OprD-TS, pero no se observaron variaciones en su expresión. El gen oprD presentó mutaciones en los cinco aislamientos resistentes. Se observó la misma producción de la enzima tipo AmpC PDC-5 y del sistema de eflujo Mex AB-OprM entre los aislamientos sensibles y resistentes a carbapenemes. Se analizó cómo la presencia conjunta de IMP-13 y el déficit de oprD contribuyen al aumento de la resistencia. CONCLUSIONES: Distintos mecanismos contribuyen a la resistencia de aislamientos productores de IMP-13 a carbapenemes. La posibilidad de no detectar estos aislamientos productores de IMP-13 representa un riesgo latente de selección de mutantes con mecanismos de resistencia que se suman para aumentar la resistencia a carbapenemes.

This document contains the recommendations for antimicrobial susceptibility testing of the clinically relevant non-fermenting gram-negative bacilli (NFGNB), adopted after conforming those from international committees to the experience of the Antimicrobial Agents Subcommittee members and invited experts. This document includes an update on NFGNB classification and description, as well as some specific descriptions regarding natural or frequent antimicrobial resistance and a brief account of associated resistance mechanisms. These recommendations not only suggest the antimicrobial drugs to be evaluated in each case, but also provide an optimization of the disk diffusion layout and a selection of results to be reported. Finally, this document also includes a summary of the different methodological approaches that may be used for detection and confirmation of emerging b-lactamases, such as class A and B carbapenemases.

En este documento se dan a conocer una serie de recomendaciones para el ensayo, la lectura, la interpretación y el informe de las pruebas de sensibilidad a los antimicrobianos para los bacilos gram negativos no fermentadores (BGNNF) que se aíslan en humanos. Se adoptaron como base las recomendaciones internacionales, las de la Subcomisión de Antimicrobianos de la Sociedad Argentina de Bacteriología, Micología y Parasitología Clínicas y las de un grupo de expertos invitados. Se incluye, además, la nomenclatura actualizada de los BGNNF y la descripción de algunas de sus características individuales, de sus resistencias naturales o habituales a los antimicrobianos de uso clínico y de los mecanismos responsables de tales resistencias. También se indican los agentes antimicrobianos que se deberían ensayar frente a las distintas especies, con la especificación de cuáles deberían ser informados, y su ubicación estratégica en las placas de cultivo para poder detectar los mecanismos de resistencia más frecuentes y relevantes. Por último, se detallan los métodos de detección y de confirmación fenotípica de la presencia de b-lactamasas emergentes en Argentina, como las carbapenemasas clases A y B.

We describe a case of 17-year- old man native of Dominican Republic, with Hodgkin´s lymphoma, who presented soft espontaneous draining nodules. In the clinical samples grew Burkholderia pseudomallei; the etiological agent of melioidosis. He received antimicrobial treatment with imipenem and amoxicillin/clavulanic with very good clinical evolution of the infectious process. Melioidosis diagnosis could be underestimated due to the low incidence of Burkholderia pseudomallei in our continent. The definitive diagnosis depends of the isolation and identification in the clinical sample.

Se describe el caso de un varón de 17 años oriundo de República Dominicana, con antecedente de linfoma de Hodgkin, que presenta tumoraciones blandas con supuración espontánea. En sus cultivos desarrolló Burkholderia pseudomallei, agente etiológico de la melioidosis. El paciente recibió tratamiento antibiótico con imipenem y luego con amoxicilina-ácido clavulánico con muy buena evolución clínica del proceso infeccioso. En razón de la baja incidencia de Burkholderia pseudomallei en nuestro continente el diagnóstico de melioidosis pudo haber sido subestimado. Su diagnóstico definitivo depende del aislamiento e identificación del agente causal en la muestra clínica.